Netanyahu respondió que el organismo se sumó a la lista negra de quienes "apoyan a Hamás".
Erdan dijo que la decisión le fue notificada oficialmente el viernes. La lista global se incluye en un informe sobre los niños y los conflictos armados que debe presentarse al Consejo de Seguridad de la ONU el 14 de junio.
El ministro de Asuntos Exteriores de Israel, Israel Katz, dijo que la medida afectaría a las relaciones del país con las Naciones Unidas.
Erdan dijo que fue notificado por el jefe de gabinete de Guterres y publicó un video en las redes sociales de él respondiendo a la decisión durante su llamada telefónica.
"Estoy totalmente conmocionado y asqueado por esta vergonzosa decisión del secretario general", dijo Erdan. "El ejército de Israel es el más moral del mundo, por lo que esta decisión inmoral sólo ayudará a los terroristas y recompensará a Hamás".
El primer ministro israelí, Benjamin Netanyahu, dijo en un comunicado que la ONU se había "añadido a la lista negra de la historia al unirse a quienes apoyan a los asesinos de Hamás".
El informe anual de Guterres al Consejo de Seguridad sobre los niños y los conflictos armados abarca el asesinato, la mutilación, los abusos sexuales, el secuestro o el reclutamiento de niños, la denegación de acceso a la ayuda y los ataques contra escuelas y hospitales.